İç mekânını örten merkezi kubbe, kare planlı bir nef görünümündedir. Kare plandan kubbe yuvarlağına karenin her köşesinden çıkan köşe kemerleri ile geçilmektedir. Kubbesi konik biçiminde olan yapı, kubbe altındaki nişler içte yuvarlak dışta beş köşeli olarak yapılmıştır. Yapının ana girişi batı tarafındadır. Ayrıca güney ve kuzey taraflarda da iki giriş kapısı mevcuttur. Apsis yarım daire biçimindedir. Bunun yanı sıra apsisi de içerisine alan 12 metre çapındaki kubbe altı ana mekânı 8 tane ince uzun tonoz kemerli pencere ile aydınlatılmıştır. Havariler Kilisesi yöreye özgü düzgün kesme bazalt taşından yapılmıştır. Selçukluların Kars’ı ele geçirmesinden sonra 1064 yılında camiye çevrilmiş, sonraki yıllarda yine kilise olarak kullanılmış, Osmanlı döneminde 1579 yılında yeniden camiye dönüştürülmüştür. 1877-1878 Osmanlı-Rus Savaşı sırasında Ruslar tarafından Kiliseye çevrilmiştir. .Kars’ın 1918’de Türklerin eline geçmesi ile yeniden camiye çevrilmiş,. Kars’ın 1920’de yeniden Türk egemenliğine geçmesi ile tekrar cami olarak ibadete açılmıştır. Yapı 1960-1970 yıllarında müze olarak kullanılmış, 1996 yılında tekrar Vakıflar Bölge Müdürlüğü tarafından restore edilerek yeniden cami olarak kullanılmaya başlanmıştır.